Ich hatte auch Wasser im Fußraum und bei mir war es die "Schallisolierung" wie von Homer85 beschrieben.
Ich habe die Türverkleidungen demontiert und man konnte gut erkennen, dass die Schallisolierung (die auch zum abdichten der Türe da ist) nicht mehr durchgängig an der Türe klebte.
Anschließend habe ich die Butylschnur mit einem Heißluftföhn vorsichtig erhitzt, damit sie wieder klebt.
Ein bekannter BMW-Mechaniker meinte, dass dies ein gängiges Problem sei.