Zu allem Überfluss sind auch noch meine Codierungen zum Teil weg was mich tierisch aufregt. Da ich schon gar nicht mehr weiß was ich bei Falk damals alles hab machen lassen weiß ich nun auch nicht was alles weg ist.
Die "Guten" protokollieren sowas aber und/oder legen ein Backup der codierten Dateien an, so dass man die Differenzen auch nachträglich noch rausfinden kann. 
Auf den ersten Blick sind die Nebler als Coming-Home weg und die Start-Stop deaktivierung nach Zündungswechsel fehlt auch. Geblieben ist auf den ersten Blick die Digital-Uhr im Kombiinstrument unten rechts.
Können die Codierer welcher hier mitlesen daraus Schlüsse ziehen welches SG vom Autohaus hier codiert wurde und welche Funktionen somit wohl betroffen sind?
Das Kombi wurde offenbar schon mal nicht angefasst. Wenn die MSA-Funktion und die Nebler "weg" sind (ich nehme aber an, Du meinst beim Welcome Light, nicht beim Coming Home, oder?), dann ist offenbar zumindest das Front-Elektronik-Modul entweder geflasht oder auf Standardwerte zurückgesetzt worden, das kann je nach Typ und Ausstattung jede Menge Funktionen betreffen (z.B. Tippblinker, Blinkquittierung beim Öffnen/Schließen, Fensterheber (MAUT-Funktion deaktivieren), Spiegel sofort anklappen, Ambientebeleuchtung entkoppeln, Tür-LEDs im Rückwärtsgang, diverse Einstellungen der SRA etc. pp.).
Die werden Dir aber einfach einen komplett neuen Softwarestand verpasst haben (was beim Tausch des Lenkgetriebes auch völlig normal und m.W. sogar vorgeschrieben ist). Das betrifft prinzipiell alle Steuergeräte und somit vermutlich auch das Rear-Electronic-Module, also z.B. hättest Du dann jetzt hinten kein TFL mehr (falls das aktiviert wurde). Beim Kombi gab es offenbar keine Änderung seit Deinem letzten SW-Update, deshalb sind dessen Codierungen erhalten geblieben.
EDIT: Und da Du 'nen Touring hast, wirst Du vermutlich auch die Funktion codiert haben lassen, die Heckklappe per Tastendruck in der A-Säule auch schließen zu können. Musst Du mal schauen, ob das noch geht.