Da bin ich 
Erstmal Hallo und Willkommen im Forum. Es ist ja Dein erster Beitrag hier.
Die von dir beschriebenen Vibrationen sind definitiv nicht normal. In meinem AH3 vibriert und klappert nichts, alles ruhig. Nach Deiner Beschreibung scheint es ja nur drehzahlabhängig und nicht geschwindigkeitsabhängig zu sein?!?
Somit würde mein erster Gedanke, eine Unwucht der Vorderräder, ausscheiden.
Am Besten Du lässt das mal vom Freundlichen anschauen und berichtest uns dann wo der Fehler lag.
Mein F30 fällt zwar auch in den Zeitraum "bis 07/13", aber bisher habe ich noch keine "Gummi- bzw. Dichtungprobleme".
Die Klappe im Kofferraumboden zum Verbandkasten/Werkzeugfach kann man nicht verriegeln, sie liegt als Teil des Kofferraumbodens wie dieser nur lose auf.
Diese kleine Klappe ist AH3 spezifisch. Der normale F30 hat eine größere Klappe mit Fach darunter und dieses "Problem" nicht. Bei uns sind unter dem Kofferraumboden ja der Hochvoltspeicher und diverse Steuergeräte verbaut, darum nur die kleine Klappe mit Werkzeug-/Verbandskastenfach vorne.
Ich nutze dieses Gepäcknetz allerdings nicht, da ich eine Gummimatte bzw. Wanne im Kofferraum liegen habe. Somit kann ich Dir hier keine Lösung geben.
Wenn die Probleme beseitigt sind würden wir uns auch über einen Vorstellungsthread freuen um Dein "Sahneschnittchen" bewundern zu können. 
Grüße
....Nö! 
Erst mit dem iPad, dann geht das Telefon, anschl. geht das hochladen nicht, nochmal, text kopieren vergessen nochmal geschrieben, gesendet an Notebook, nochmal editiert, geht aber nicht mehr, oh Mannoman...