Meines Wissens nach löscht der alles was vorher auf dem Stick ist und spielt dann die Daten drauf.
Der DL-Manager löscht selbst nichts. Er verlangt aber nach einem leeren USB-Stick, der FAT32 oder exFAT formatiert ist. Ist kein entsprechender Stick angesteckt, startet der Download erst gar nicht. So ist das jedenfalls bei der aktuellen Version des DL-Managers.
Da der DL-Manager die Daten nach dem Kopieren auf den Stick auch noch einmal prüft, kann ich mir einen Fehler des Sticks eher nicht vorstellen...