Oh hello E90-Forumsexperte! Nun auch auf der Suche nach einem F31?! 
mein Traumauto aus 06/2013 dadurch die Lappen geht.
Genau das war auch mein Punkt! Ich wollte lieber ein Auto der ersten Modelljahre fahren als mir wieder einen E91 holen. Dann hab ich noch einen F31 mit luxury line und damit verbunden guter Ausstattung gefunden und war mit dem 310d sehr zufrieden im Gegensatz zu dem E91 318i. Daher hat mein F31 nun 01/2013 und auch zwei der von Dir angesprochenen Probleme.
1. Wasserablaufleitungen: Wurde beim Kauf noch von der NL behoben. War wohl was im System hinterlegt dazu.
2. Türdichtungen: Die sollen ohne Probleme über Kulanz getauscht werden, wie ich in einigen Threads gelesen habe. Ebenso, wenn sie fleckig sind. Dazu gibts nen angepinnten Thread.
3. Rost an den Sitzgestellen habe ich noch nicht feststellen können. Und werde ich hoffentlich auch nie... klingt mir nämlich nach dem ekeligsten und gefährlichsten der Probleme.
AHK: Geht recht einfach nachzurüsten. Gibts hier ebenfalls nen Thread zu (AHK nachrüsten).
Navi: Gibt ne einfache Möglichkeit, das größere Display des Pro nachzurüsten. Inwiefern sich die Dinger sonst noch an Funktionen unterscheiden, weiß ich nicht.
Geräuschdämmung: Liest man schon ab und an, dass die schlechter sein solle. Ich kann das nicht bestätigen. Wobei ich nun auch von Benziner auf Diesel umgestiegen bin und der per se ja lauter ist. Gerade jetzt, wenn es kälter ist, ist das Nageln schon zu hören. Aber das war beim E91 auch nicht anders (da hatte ich 3 Diesel von). Positiv fällt mir auf, dass das Pfeifen der Dumbo-LCI-spiegel des E91 beim F31 nicht mehr vorhanden ist.
Zum Rest müssen Dir andere was sagen. 