Die Probleme betreffen nicht nur das FEM. Rücklicht ist REM, Rückhaltesystem ACSM, Notruf FZD.
Batterie wäre ein heißer Kandidat. ZGM (im FEM integriert) auch eine Möglichkeit.
LIN-Master Kurzschluss klingt verdächtig, ansonsten können die Timeouts alles mögliche sein, ist für eine umfassende Diagnose mMn. nicht ausreichend.
Ohne die Nachrüstungen im Detail zu kennen (was auch immer genau „VFL Rückleuchten (clears)“ sind, Ambientebeleuchtung Original, Zubehör an Original-Anschlüssen, Zubehör frei verdrahtet, ... bringt alles unterschiedliche Fehlerquellen mit sich).
Bleibt nicht viel als systematische Prüfung und Eingrenzung. Stecker, Sicherungen, Kurzschlusssperren, Fehlerspeicher.