Die Box überschreibt mit Sicherheit nicht "die MatchUp Werte" (Annahme: damit sind die DSP/EQ Parameter gemeint). Wie sollte sie, die beiden haben ja keinerlei Datenverbindung. Die Endstufe hängt hinter dem Ausgang der HU, das ganze CarPlay/BT-Audio passiert vor'm Eingang.
Ich würde mal davon ausgehen, dass es mit Werksendstufe genauso anders klingen würde.
Sehe ich das richtig, dass du wie folgt verbindest:
Telefon --(WiFi/USB?)--> Box --(AUX)--> HU
Alternativ:
Telefon --(BT)--> HU
Endgerät ist was? Apple iPhone? Und welche Audioquelle, eigene Dateien, Streamingdienst, ...?
Und kannst du "schlechter" konkretisieren? Dumpfer mit fehlender Dynamik, kratzig, abgehackt, übersteuernd, verzerrt, ...
Dass es Unterschiede gibt, ist leider recht normal. Teilweise lässt es sich in den Einstellungen des Telefons nochmal anpassen, wenn z.B. der Audiopegel über CarPlay begrenzt wird, sodass man den Eingang stark übersteuern muss, was der Klangqualität nicht unbedingt zuträgt. Ohne die konkrete Kombinaiton zu kennen, ist das mit den pauschalen Ideen schwierig.