Ich würde nach jeder Änderung am Schlüssel und dessen Batterie erstmal ein paar Fahrten abwarten. Der Ladestand hat keine Priorität und wird nicht permanent live geprüft, hat bei mir zuletzt auch nach der dritten Fahrt oder so aufgehört zu meckern und seit dem ist dann auch Ruhe (inzwischen vllt. ein Jahr her).
Evtl. vorsichtig die Kontaktfeder leicht nach oben hebeln, dass sie etwas mehr Druck aufbaut (mit Gefühl, abreißen ist doof) oder bei sehr dünnen Batterien die Oberseite etwas unterfüttern.
Dass sich eine leere Starterbatterie in einer Batteriewarnung am Schlüssel äußert, ist nicht möglich, wenn auch eher unwahrscheinlich. Da steigt meist irgendwas anderes vorher aus.
OT, aber meine Starterbatterie ist etwa gleich alt und macht auch keine Anstalten aufzugeben, selbst wenn der Wagen mal 2 Wochen steht (was regelmäßig vorkommt). Wird unregelmäßig alle paar Monate mal geladen, ansonsten regelt's die Fahrtstrecke. Mal schauen wie lange noch...