Das „leersaugen“ der Batterie könnte irgendein Steuergerät sein welches nicht richtig einschläft. Dieses Problem solltest du auch mal angehen - aber eher als zweites.
Alle Lichter die bei dir nicht funktionieren sind m.W. nach an Ausgängen vom FEM. Das wäre also der erste Übeltäter den ich im Verdacht hätte.
Ich glaube mich zu erinnern dass danituga vor nicht allzu langer Zeit auch mal die Pole beim Fremdstarten vertauscht hatte. Evtl kann er etwas Hilfestellung geben? Wurde damals nicht auch das FEM getauscht?
Zum Einsatz der Software kann man dir hier leider nicht allzu viel Hilfestellung geben. Aus rechtlichen Gründen ist es sogar untersagt auch nur den Namen zu nennen