Ich denke die konkrete Frage war schon korrekt beantwortet.
Verwirrung entsteht an dem Punkt, wo die üblicherweise in Werkstätten vorhandene Software beim Start eines Update-/Programmiervorganges trotzdem meckert und sagt "stimmt so nicht". Nur weil die Änderung bekannt ist heißt das nicht, dass damit weitergearbeitet werden kann. Ist so erstmal nur eine hilfreiche Information für Service/Teilesuche, dass da etwas nicht original ist.
Klar, wenn die Hardware nicht passt (Klassiker 2TB eingetragen, aber GWS nicht getauscht) macht man nicht viel - den Fall lassen wir mal mal außen vor.
Aber wenn alles passt, muss scheinbar immernoch jemand aus der richtigen Abteilung Änderungen vornehmen (weiß nicht was es intern konkret ist, Nachrüstung in den Werksauftrag übernehmen?). Dafür gibt es mWn. keinen Automatismus, System überstimmt die Selbstauskunft des Fahrzeugs.